寶海法師1896年出家,後赴大陸福建鼓山湧泉寺受戒,回台後得知大稻埕富商劉金波喪父,提議建寺供養亡父計畫,由劉金波兄弟捐助,土地由林知義、邱連水等負責,1909年/12月起造,1910年/11月完成,寶海法師體弱多病,邀請本圓法師幫忙經營,後繼任住持,深覺寺廟格局過於陳腐狹隘,身染傳統民俗信仰色彩,1914年第一階段改建,1918年第二次改建1920年完成,改建後全然佛寺化,1920年加入臨濟宗妙心寺派,將凌雲寺更名為【觀音山凌雲禪寺】1923年舉辦首次三壇大戒,【初壇授沙彌、沙彌尼,二壇授比丘、比丘尼,三壇授出家菩薩戒,完成三壇大戒,使被承認正式的比丘、比丘尼】
日據時期佛教四大門派-基隆月眉山靈泉禪寺、苗栗觀音山法雲寺(曹洞宗)觀音山凌雲禪寺、台南開元寺(臨濟宗)-但後因義敏、永定出走開元寺另創大崗山超峰寺,戰後取代開元寺成為台灣四大法脈之一。
本圓法師 俗名沈本圓,基隆人,1900年於鼓山湧泉寺受戒,是台灣第一位受戒的齋教徒,1909返台擔任靈泉禪寺當家,1911年受寶海法師之邀協助凌雲寺寺務,後接任凌雲寺住持,1946年當選臺灣省佛教會理事長,1947年圓寂。具足千手千眼觀世音菩薩 凌雲禪寺原本是恭奉千手千眼觀世音菩薩於大陀羅尼殿【俗稱24隻手】68年仿日本姐妹寺葛井寺,以塑鋼建置東南亞最大的室內佛像,72年配合凌雲禪寺百年紀念及大雄寶殿落成,邀請謝東閔副總統舉行開光儀式。